蛋白質高速シミュレーション開発プロジェクト

プログラムの特徴

概要

 本シミュレーションプログラムは、インターフェイス部、シミュレーション部およびSAAP力場データ群から構成されている。インターフェイス部はJavaで実装されており、OSに依存せず利用することが可能である。一方シミュレーション部はC言語で実装されており、ソースをコンパイルしなおせば、どのOSでも利用できる。また、インターフェース部、シミュレーション部は個別に利用することができる。以下にシステムの概要と特徴を示す。

特徴

  • 水中の高速シミュレーションが可能 (連続誘電体近似)
  • PC でも使用できる (C および Java を使用)
  • 使いやすいインターフェイス ( jV を利用)

  • インターフェイス部

     インターフェイス部は木下(東大)・中村(阪大)によって開発された蛋白質構造表示プログラムjV(https://pdbj.org/jv/#top)を利用しており、以下のように、構造表示ウィンドウ、構造・ジョブ制御ウィンドウ・エネルギー表示ウィンドウから構成されている。

    実行例

     以下に、本システムを用いておこなったMet-enkephalinおよびC-peptideの計算結果の一部を示す。

     下の表は演算に要した時間を示したものである。SAAP力場を用いた本シミュレーションでは、エーテル中、水中においても、真空中と同等の速度で計算を実行することが可能である。

     以下に本シミュレーションにより求められた安定構造の一例を示す。

    Met-enkephalin

    C-peptide

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